国税庁から、確定申告にあたり、特に下記の確認に留意するように勧めています。要約しますと、
①上場株式等の配当・譲渡益の軽減税率の延長 上場株式等の配当等に係る10％軽減税率は、2009年１月１日から11年12月31日まで延長されている。
②上場株式等に係る譲渡損失の損益通算の特例 ２０09年１月１日以降、その年またはその年の前年以前３年内に生じた上場株式等に係る譲渡損失の金額（前年以前に既に控除したものを除く）があるときは、これらの損失の金額を、その年分の上場株式等の配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限る）から控除できることとされている。
③住宅ローン減税の延長・拡充 住宅ローン減税制度は、適用期限が2013年12月31日まで５年間延長されるとともに、09年１月１日以後の控除期間、住宅借入金等の年末残高の限度額及び控除率等が改められた。
④認定長期優良住宅（いわゆる200年住宅）を新築等した場合の住宅ローン減税の特例や特別税額控除 認定長期優良住宅については、新築等をして、09年６月４日以後に、居住の用に供した場合で、一定の住宅借入金等を有するなどの要件に当てはまるときは、認定長期優良住宅の新築等に係る住宅ローン減税の特例が受けられる。また、認定長期優良住宅の新築等をして、2009年６月４日以後に、居住の用に供した場合で、一定の要件に当てはまるときは、認定長期優良住宅新築等特別税額控除が受けられる。
そのほか、電子証明書等特別控除の適用期限が２年延長された（この控除の適用は、07年分から10年分までの間でいずれか1回に限られる）。
