病院が行う社会保険診療によるものについては、①健康保険法、国民県保健法、母子保健法、高齢者の医療の確保に関する法律、生活保護法等による社会診療報酬、および②入院時食事療養費については、一定の患者の負担分も含めて非課税となります。
①差額ベッド代、②美容整形等の費用、③健康診断（人間ドッグ）は、消費税が課税される課税売上となり、簡易課税の場合の事業区分は日本標準産業分類上「医療、福祉」に該当し第５種事業となり、課税仕入れ割合は課税売上の５０％とみなされて、消費税額を算定します。
また、市町村等の要請により行われる病院の外部での公費負担の医療は、消費税は非課税（健康診断や予防接種の接種料をのぞきます。）として取り扱われます。
学校医、嘱託医、産業医への報酬の取り扱いは、開業医である個人がその事業者から支払を受ける産業医としての対価は、給与所得として消費税法上不課税となりあす。
しかし、医療法人がその勤務医を産業医として派遣した対価として受領する委託料は、消費税の課税対象となります。
医薬品のリベートは、消費税法上仕入れに係る対価の返還に該当します。
ジュース、物品等の売店等での販売収入は小売業に該当し、簡易課税を適用する場合は，第2種事業となり、課税仕入れ割合は８０％とみなして消費税を算定します。
交通事故の被害者に対する療養は、自動車損害賠償保険の支払いを受けておられる療養であれば、その診療が自由診療であってもすべて非課税となります。
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